O Prêmio José Reis foi criado pelo CNPq em 1978 como uma homenagem de reconhecimento ao trabalho do professor José Reis.

De início, o Prêmio era bienal e os candidatos eram sugeridos pela própria comissão julgadora.

Em 1982, tornou-se anual e teve o regulamento reformulado.

No período de 1983 a 2013, o prêmio contava com três categorias: Divulgação Científica e Tecnológica, ao pesquisador ou escritor como divulgador da Ciência; Jornalismo Científico, ao jornalista destaque da área, e Instituição, premiando a instituição ou o veículo de comunicação que mais apoiou a divulgação científica. Em 2014, as denominações das categorias Divulgação Científica e Tecnológica e Jornalismo Científico passaram à denominação Pesquisador e Escritor e Jornalista em Ciência e Tecnologia, respectivamente.

Desde 1995, o Prêmio é concedido de forma anual a apenas uma das três categorias, em sistema de rodízio: Pesquisador e Escritor, Jornalista em Ciência e Tecnologia e Instituição e Veículo de Comunicação.

A edição de 2022 é destinada à categoria Instituição e Veículo de Comunicação, que premiará aquele pesquisador ou escritor enquanto divulgador da Ciência, Tecnologia e Inovação para o grande público, com a concessão de R$ 20.000,00,  diploma, além de passagem aérea e hospedagem para permitir que o agraciado participe da cerimônia de entrega do Prêmio na programação oficial da 74º Reunião Anual da Sociedade Brasileira para o Progresso da Ciência - SBPC em julho de 2022.