O Prêmio José Reis foi criado pelo CNPq em 1978 como uma homenagem de reconhecimento ao trabalho do professor José Reis.

De início, o Prêmio era bienal e os candidatos eram sugeridos pela própria comissão julgadora.

Em 1982, tornou-se anual e teve o regulamento reformulado.

No período de 1983 a 2013, o prêmio contava com três categorias: Divulgação Científica e Tecnológica, ao pesquisador ou escritor como divulgador da Ciência; Jornalismo Científico, ao jornalista destaque da área, e Instituição, premiando a instituição ou o veículo de comunicação que mais apoiou a divulgação científica. Em 2014, as denominações das categorias Divulgação Científica e Tecnológica e Jornalismo Científico passaram à denominação Pesquisador e Escritor e Jornalista em Ciência e Tecnologia, respectivamente.

Desde 1995, o Prêmio é concedido de forma anual a apenas uma das três categorias, em sistema de rodízio: Pesquisador e Escritor, Jornalista em Ciência e Tecnologia e Instituição e Veículo de Comunicação.

A edição de 2021 é destinada à categoria Instituição e Veículo de Comunicação, que premiará a instituição brasileira (de ensino e/ou pesquisa, centros e museus de ciência e tecnologia, órgãos governamentais, culturais, organizações não governamentais e empresas públicas ou privadas) ou veículo de comunicação coletiva com sede estabelecida no Brasil que tenha tornado acessível, ao público, conhecimento sobre Ciência, Tecnologia, Inovação e seus avanços, com a concessão de troféu e diploma para a instituição ou veículo agraciado e passagem aérea e hospedagem para permitir que o dirigente ou representante participe da cerimônia de entrega do Prêmio na programação oficial do Mês Nacional da Ciência, Tecnologia e Inovação (MNCTI), em outubro de 2021.~